Sehubungan dengan banyaknya penafsiran dalam implementasi PER-24/PJ/2012, maka Direktur Jenderal Pajak mengeluarkan penegasan mengenai penggunaan nomor seri Faktur Pajak dan tata cara pembuatan Faktur Pajak melalui Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-26/PJ/2015 tanggal 2 April 2015:

1. Pengusaha Kena Pajak wajib membuat Faktur Pajak dengan menggunakan Nomor Seri Faktur Pajak yang ditentukan oleh Direktorat Jenderal Pajak.
2. Nomor Seri Faktur Pajak yang diberikan oleh Direktorat Jenderal Pajak digunakan untuk membuat Faktur Pajak pada tanggal Surat Pemberian Nomor Seri Faktur Pajak atau tanggal sesudahnya dalam tahun yang sama dengan Kode Tahun yang tertera pada Nomor Seri Faktur Pajak tersebut.

   Contoh:
   PKP A menerima Surat Pemberian Nomor Seri Faktur Pajak tertanggal 10 November 2014 dengan Nomor Seri Faktur Pajak 004-14.00000001.Dengan demikian, PKP A hanya dapat menggunakan Nomor Seri Faktur Pajak tersebut untuk membuat Faktur Pajak tanggal 10 November 2014 atau tanggal setelahnya dalam tahun 2014.PKP A dilarang menggunakan Nomor Seri Faktur Pajak tersebut untuk membuat Faktur Pajak sebelum tanggal 10 November 2014.

3. Faktur Pajak dengan tanggal mendahului (sebelum) tanggal surat pemberian Nomor Seri Faktur Pajak merupakan Faktur Pajak yang mencantumkan keterangan yang tidak sebenarnya atau tidak sesungguhnya, sehingga merupakan Faktur Pajak Tidak Lengkap.

   Contoh:

   PKP A menerima Surat Pemberian Nomor Seri Faktur Pajak tertanggal 10 November 2014 dengan Nomor Seri Faktur Pajak 004-14.00000001.PKP A menggunakan Nomor Seri Faktur Pajak tersebut di atas untuk pembuatan Faktur Pajak tertanggal 1 November 2014.

4. PKP yang menerbitkan Faktur Pajak Tidak Lengkap dikenai sanksi administrasi  yaitu sebesar 2% dari Dasar Pengenaan Pajak (DPP) yang tercantum di Faktur Pajak tersebut.
5. Terbatas hanya untuk Faktur Pajak Tidak Lengkap sebagaimana dimaksud pada angka 3, PKP diperkenankan melakukan hal-hal sebagai berikut:a. Terhadap Faktur Pajak Tidak Lengkap tersebut dilakukan pembatalan Faktur Pajak;
   b. Dibuat Faktur Pajak baru dengan menggunakan Nomor Seri Faktur Pajak yang sama dengan Faktur Pajak Tidak Lengkap yang telah dibatalkan tersebut;
   c. Tanggal Faktur Pajak yang baru dibuat tersebut tidak boleh mendahului (sebelum) tanggal Surat Pemberian Nomor Seri Faktur Pajak yang bersangkutan.Contoh:
   PKP A menerima Surat Pemberian Nomor Seri Faktur Pajak tertanggal 10 November 2014 dengan Nomor Seri Faktur Pajak 004-14.00000001.PKP A membuat Faktur Pajak dengan Kode dan Nomor Seri 010.004-14.00000001 dengan tanggal Faktur Pajak 1 November 2014.

   Hal-hal yang dapat dilakukan oleh PKP A adalah:

   a. Faktur Pajak tanggal 1 November 2014 dengan Nomor Seri 010.004-14.00000001 dibatalkan.
   b. PKP A membuat Faktur Pajak yang baru dengan Nomor Seri Faktur Pajak yang sama yaitu 010.004-14.00000001 dengan tanggal Faktur Pajak tanggal 10 November 2014 atau tanggal setelahnya dalam tahun 2014.

6. Dalam hal Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada angka 5 ternyata diketahui bahwa saat seharusnya Faktur Pajak tersebut dibuat adalah pada tanggal 1 November 2014, maka Faktur Pajak tersebut merupakan Faktur Pajak yang dibuat tidak tepat waktu oleh Pengusaha Kena Pajak.
7. Dalam hal Faktur Pajak yang tidak tepat waktu sebagaimana dimaksud pada angka 6 dibuat setelah melewati jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak saat Faktur Pajak seharusnya dibuat, PKP dianggap tidak menerbitkan Faktur Pajak.
8. Pembatalan dan pembuatan Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada angka 5 dan 6 dapat dilakukan sepanjang Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai di mana Faktur Pajak tersebut dilaporkan belum dilakukan pemeriksaan, belum dilakukan pemeriksaan bukti permulaan yang bersifat terbuka, dan/atau PKP belum menerima Surat Pemberitahuan Hasil Verifikasi.
9. Faktur Pajak yang mencantumkan keterangan yang sebenarnya atau sesungguhnya namun dibuat tidak tepat waktu oleh PKP sebagaimana dimaksud pada angka 6 dapat dikreditkan sebagai Pajak Masukan sepanjang ketidaktepatan waktu penerbitan Faktur Pajak tersebut tidak melewati jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak saat Faktur Pajak seharusnya dibuat.
10. Direktorat Jenderal Pajak hanya dapat memberikan Nomor Seri Faktur Pajak dengan 2 (dua) digit tahun penerbitan sesuai dengan tahun diberikannya Nomor Seri Faktur Pajak tersebut.

Terhitung mulai tanggal 1 April 2010, berlaku format Faktur Pajak yang baru. Klik untuk lihat contoh Faktur Pajak format terbaru. Contoh ini merupakan transaksi penjualan dalam mata uang Rupiah.

Berdasarkan pemahalam atas  beberapa peraturan pajak yang telah dikeluarkan, tidak berlaku lagi formulir Faktur Pajak Sederhana untuk pembeli tanpa NPWP.

Di dalam PMK Nomor 38/PMK.03/2010 pasal 4 ayat 1 dinyatakan bahwa dalam Faktur Pajak, untuk persyaratan formal paling sedikit harus memuat :

a. nama, alamat, dan NPWP yang menyerahkan BKP atau JKP;
b. nama, alamat, dan NPWP pembeli BKP atau penerima JKP;
c. jenis barang atau jasa, jumlah Harga Jual atau Penggantian, dan potongan harga;
d. PPN yang dipungut;
e. Pajak Penjualan atas Barang Mewah yang dipungut;
f. kode, nomor seri, dan tanggal pembuatan Faktur Pajak;
g. nama dan tanda tangan yang berhak menandatangani Faktur Pajak.

Dan di pasal 5 ayat 2 dinyatakan bahwa bagi PKP yang membuat Faktur Pajak yang tidak memenuhi persyaratan formal akan dikenakan sanksi.

Tetapi terdapat pengecualian untuk sanksi tersebut seperti yang dinyatakan dalam Peraturan Dirjen Pajak Nomor 13/PJ/2010 pada pasal 15 ayat 2 dalam hal pembuatan Faktur Pajak yang tidak memuat nama, alamat dan NPWP pembeli. 

Walaupun transaksi Faktur Pajak Sederhana dan Faktur Pajak Standar digabung dalam satu dokumen baru yang namanya Faktur Pajak, maka dalam pelaporan SPT Masa PPN, tetap dibedakan pengelompokan antara Faktur Pajak dan Faktur Pajak Sederhana.

Untuk mengantisipasi peraturan PPN terbaru ini, telah dirilis software Krishand PPN 1107 versi 4.0 terbaru dan dalam waktu dekat, juga akan dirilis Krishand PPN 1108.